產(chǎn)品名稱：Agilent 5191-4079 SureSelect enzymatic fragmentation kit, 16 reactions?
產(chǎn)品貨號(hào)： 5191-4079
| 實(shí)驗(yàn)步驟細(xì)分 |
貨號(hào) |
品名 |
| 酶切打斷16個(gè)反應(yīng) |
5191-4079 |
SureSelect enzymatic fragmentation kit, 16 reactions |
| 酶切打斷16個(gè)反應(yīng) |
5191-4080 |
SureSelect enzymatic fragmentation kit, 96 reactions |
產(chǎn)品介紹:
適用于DNA起始量在10ng-200ng之間的各種GC含量、不同樣本類(lèi)型（血液、新鮮冷凍組織和FFPE），推薦在37攝氏度酶解15分鐘。
酶裂解的熱循環(huán)程序
| 步驟 |
溫度 |
時(shí)間 |
| 1 |
37℃ |
見(jiàn)下表 |
| 2 |
65℃ |
5min |
| 3 |
4℃ |
Hold |
碎片持續(xù)時(shí)間基于樣本類(lèi)型和NGS讀取長(zhǎng)度
| NGS read 長(zhǎng)度 |
目標(biāo)片段的大小 |
持續(xù)時(shí)間為37℃ |
| 高質(zhì)量的DNA樣本 |
FFPE DNA樣本 |
| 2X100 |
150-200bp |
15min |
15min |
| 2X150 |
180-250bp |
10?min |
15min |
1.準(zhǔn)備基因組DNA樣本并分析其質(zhì)量
文庫(kù)制備方案要求輸入10 ng到200 ng的gDNA，初始DNA樣品體積為7 ul，用于酶促DNA損傷對(duì)于某些FFPE樣品，DNA輸入量或定量方法可能需要調(diào)整。如下詳細(xì)。為了獲得最佳的測(cè)序結(jié)果，在推薦范圍內(nèi)使用最大數(shù)量的DNA輸入
2.從新鮮生物樣品中制備高質(zhì)量的Gdna
采用合適的純化系統(tǒng)，如Qiagen’s QIAamp DNA迷你試劑盒，按照制造商的協(xié)議進(jìn)行純化準(zhǔn)備請(qǐng)注意確?；蚪MDNA樣本質(zhì)量高，OD為260/280范圍從1.8到2.0.使用Oubit BR dsDNA檢測(cè)試劑盒測(cè)定每個(gè)gDNA樣品的濃度。按照制造商對(duì)儀器和檢測(cè)試劑盒的說(shuō)明操作從新鮮生物樣本中提取的DNA不需要額外的DNA樣本鑒定。
3.從FFPE樣品中制備和鑒定gDNA
使用Qiagen’s QIAamp DNA FFPE組織試劑盒和Qiagen’s QIAamp DNA FFPE Tissue Kit，按照制造商的協(xié)議從FFPE組織切片中制備gDNA。分兩輪洗脫MinElute柱上的fina gDNA樣品，每輪使用30 ul緩沖液ATE。最終洗脫體積約為60 ul。
請(qǐng)注意如果組織在蛋白酶K消化一小時(shí)后出現(xiàn)不完全裂解。加入另外10 ul的蛋白酶K，在56℃繼續(xù)孵育。周期性的混合，持續(xù)3個(gè)小時(shí)。
將gDNA樣本保存在冰中，以便當(dāng)天文庫(kù)準(zhǔn)備，或在-20℃保存以備日后處理。
SureSelect平臺(tái)兼容性SureSelect酶促破裂試劑盒與下面表1所列的特定SureSelect平臺(tái)及其支持協(xié)議兼容。
請(qǐng)注意SureSelect酶斷試劑盒尚未優(yōu)化用于SureSelectXT、SureSelectQXT或SureSelect XT2體系。酶DNA片段下游的工作流程步驟詳見(jiàn)表1所列的SureSelect用戶手冊(cè)。
表1兼容SureSelect平臺(tái)
SureSelect平臺(tái) ?????????平臺(tái)議定書(shū)文件編號(hào)
SureSelect XT HS2 DNA ????G9983 – 90000
SureSelect XT HS ?????????G9702 –?90000
SureSelect XT ?Low input ??G9703-90000 ??G9703-90050(雙索引庫(kù))
產(chǎn)品名稱：Agilent 5191-4079 SureSelect enzymatic fragmentation kit, 16 reactions?
產(chǎn)品貨號(hào)： 5191-4079
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| ?貨號(hào) |
品名 |
| 200600 |
DNA Extraction ? Kit |
| G2991AA |
4200 TapeStation 系統(tǒng) |
| G9700A |
Agilent NGS FFPE QC, ? 16 samples |
| G9700B |
Agilent NGS FFPE QC, ? 96 samples |
| 5191-4079 |
SureSelect enzymatic ? fragmentation kit, 16 reactions |
| 5191-4080 |
SureSelect enzymatic ? fragmentation kit, 96 reactions |
| G9682A |
SureSelectQXT Library ? Prep Kit, ILM, 16 |
| G9682B |
SureSelectQXT Library ? Prep Kit, ILM, 96 |
| G9611B |
SureSelectXT Reagent ? kit, HSQ, 96 |
| G9611A |
SureSelectXT Reagent ? kit, HSQ, 16 |
| G9703A |
SSEL XT Low Input ? Reagent Kit (1-96) |
| G9703B |
SSEL XT Low Input ? Reagent Kit (97-192) |
| G9702A |
SSEL XT HS Reagent ? Kit (1-16), 16rxn |
| G9702C |
SSEL XT HS Reagent ? Kit (1-32), 96rxn |
| G9981A |
SureSelect ? XT HS2 DNA reagent kit with index primer pairs 1–16, 16 reactions |
| G9983A |
SureSelect ? XT HS2 DNA reagent kit with index primer pairs 1–96, 96 reactions |
