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高通量測序解決方案助力新冠病毒研究

 

2019年底突如其來的新型冠狀病毒,讓我們再次認識到了廣泛分布且種類繁多的病原微生物對人類的威脅。面對一場突如其來的疫情,既要采用科學的手段快速發(fā)現并認識病原微生物,同時也要基于科學的認識制定可行的臨床檢測和治療方案。新興的高通量基因測序技術通過直接對病毒基因組進行全面分析,對于2019-nCoV的首先確認、動態(tài)分析、進化來源以及致病機制、傳播途徑研究等具備了無可比擬的優(yōu)勢。

作為分子生物學領域的行業(yè)領導者,QIAGEN旗下多款經典病毒核酸純化試劑盒就以其回收率高、核酸純度高、多樣本兼容性的優(yōu)勢在2019-nCoV實驗檢測環(huán)節(jié)中 做好準備。同時QIAGEN提供了基于不同技術和方法的檢測方案,包括高通量測序技術方案。

 

 

除了新型冠狀病毒外,近年來造成人類感染的病原微生物也日益復雜,同時抗菌藥物濫用與細菌耐藥已成為全球關注的焦點。如今,高通量測序已經迅速成為臨床實驗室的重要檢測平臺,延展并提高了經典微生物方法的檢測能力,

 

病毒核酸全轉錄組擴增

實際的檢測過程中可能拿到的并非都是最佳樣本,如來自上呼吸道的咽拭子就因其自身病毒含量低而極易造成檢測假陰性。面對這樣的現實困境,我們在提高核酸產量、質量的同時,也可以借助 “全轉錄組擴增技(WTA)”技術對核酸進行均等的放大,解決樣本量不足的難題。

基于QIAGEN充分優(yōu)化改良的 “多重置換擴增(MDA)”技術,REPLI-g WTA Single Cell能夠針對單個細胞或pg級純化RNA進行快速的全轉錄組擴增。區(qū)別于傳統(tǒng)PCR類擴增方法,REPLI-g可在等溫條件下進行均等、高保真的高靈敏度擴增,雙鏈cDNA產物非常適用于下游進行高通量測序(二代或三代測序)、PCR等方法檢測,也多次被運用于類似疫情的檢測方案中,如在2014年西非埃博拉病毒以及2016年中國南方的寨卡病毒疫情方案中,來自中國疾控中心、廣東省疾控中心等單位的研究人員就已將REPLI-g應用在對抗疫情的實戰(zhàn)中。

人源等宿主rRNA去除

疫情檢測所采用的樣本絕大多數來自呼吸道、血液等,純化后的核酸產物中還存在著大量的人源RNA,占用大量數據的同時還會對結果的準確性產生潛在影響。通過對測序的結果進行分析,我們可看到人源rRNA序列占比極高,因此我們可以通過去除人源rRNA等手段來部分解決這一問題。此時,又到了QIAseq FastSelect展現其真正實力的時候了!

借助獨特的“黑科技”,僅需通過簡單的1步加樣以及一段程序性降溫孵育,無需任何純化步驟,便能在14分鐘內完成樣品中人源或其他哺乳動物來源rRNA的高效去除。這一過程可與REPLI-g WTA Single Cell Kit以及幾乎所有其他的逆轉錄試劑盒、RNA建庫試劑盒相兼容,在避免因多步純化而造成病毒核酸損失的同時,還可極為快速地完成rRNA去除這一限速步驟。此外,如果在糞便、肛拭子等樣本中存在較多的細菌組分,我們也同樣可以利用QIAseq FastSelect 5S/16S/23S Kit結合QIAseq FastSelect HMR Kit在一步流程中同時完成全部細菌和宿主rRNA的去除,十分便捷。

產品名稱 ?????????貨號

QIAseq FastSelect -rRNA & -Globin HMR Kit???334386

NGS文庫構建

在完成rRNA去除并對RNA進行逆轉錄反應(含二鏈合成)后,一款高效的建庫試劑盒是完成cDNA樣品文庫構建的測序前關鍵步驟。KAPA?KK8514 DNA HyperPlus文庫構建試劑盒

貨號:KK8514,整合了DNA酶切片段化及文庫構建步驟,所有反應均在一管中完成。酶切片段化可以降低DNA末端損傷,尤其對于FFPE DNA更是如此。

 

 

貨號 產品名稱 規(guī)格

KK8514 KAPA DNA HyperPlus?文庫構建試劑盒,含擴增 96?次

KK8512 KAPA DNA HyperPlus?文庫構建試劑盒,含擴增 24次

KK8513 KAPA DNA HyperPlus?文庫構建試劑盒,PCR-Free 24?次

KK8515 KAPA DNA HyperPlus?文庫構建試劑盒,PCR-Free 96?次

 

過去幾周來自中國疾控等單位的科學家在其研究中也分別采用了QIAGEN樣本制備(QIAamp Viral RNA Mini Kit,貨號:52904)等解決方案進行了冠狀病毒的測序和基因組分析并相繼發(fā)表在國際頂尖雜志上。

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